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摘要:
[目的]比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点.[方法]针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性.[结果]在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成.森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍.进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大.以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍.两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果.[结论]高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度.
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文献信息
篇名 高通量测序和DGGE分析土壤微生物群落的技术评价
来源期刊 微生物学报 学科 生物学
关键词 高通量测序 变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE) 土壤微生物群落
年,卷(期) 2014,(12) 所属期刊栏目 方法
研究方向 页码范围 1489-1499
页数 分类号 Q938
字数 语种 中文
DOI 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.12.012
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 贾仲君 中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室 24 775 10.0 24.0
2 夏围围 中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室 1 281 1.0 1.0
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研究主题发展历程
节点文献
高通量测序
变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)
土壤微生物群落
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
微生物学报
月刊
0001-6209
11-1995/Q
大16开
北京朝阳区北辰西路1号中科院微生物所内
2-504
1953
chi
出版文献量(篇)
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15
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